Pondok kopi adalah tempat asal mula pengenalan tanaman kopi di Nusantara. Pada tahun 1696, Jenderal Adrian van Ommen, seorang komandan yang bertugas di Malabar Belanda, India, diperintahkan oleh Walikota Amsterdam, Nicholas Witsen untuk membawa bibit kopi Arabika ke Nusantara. Usaha pertama itu gagal tumbuh karena terkena banjir. Usaha kedua dilaporkan terjadi pada tahun 1699 yang dilakukan di daerah Pondok Kopi, Batavia, dan berhasil. Setelah percobaan tersebut memperlihatkan hasil yang baik, percobaan selanjutnya dilakukan di daerah Priangan, Jawa Barat, dengan menerapkan sistem tanam paksa atau Preangerstelsel. Keberhasilan ini dilanjutkan dengan pembukaan kebun-kebun kopi lainnya di pulau Jawa, Sumatra, Bali, Sulawesi hingga kepulauan Timor.

Berdasarkan catatan sejarah, bahwa perubahan nama “Desa Kopi menjadi Pondok Kopi” terjadi pada saat untuk pertama kalinya pengukuhan Ketua RT dan Ketua RW di RW.17 dan RW.18 Kelurahan Malaka Kecamatan Jatinegara pada tanggal 17 Januari 1982 bertempat di Taman Blok A4 RW.19 sekarang. Adanya Kesepakatan Ketua RW dan Anggota LMK se Kelurahan Pondok Kopi yang diketahui dan disetujui oleh Lurah Pondok Kopi dan Camat Duren Sawit pada tanggal 20 Januari 2013, yang menyatakan bahwa tanggal 17 Januari disepakati sebagai hari jadi Pondok Kopi.