Kelurahan Ceger merupakan pemekaran dari Kelurahan Bambu Apus pada tanggal 29 Juli 1986. Sebelum tahun 1986, nama kelurahan disebut "Kelurahan Wenang Baru". Kelurahan dibentuk menurut SK Gubernur DKI Jakarta nomor 1251 tahun 1986 tentang Pemecahan, penyatuan, perubahan nama kembar dan penetapan batas kelurahan. Kelurahan Ceger diresmikan tanggal 30 Juli 1986, oleh presiden RI, H. M. SOEHARTO. Sejak awal diresmikan, wilayah ini masih terdiri dari 5 kampung, yakni:

• Kampung Jelata
• Kampung Jeruk
• Kampung Apel
• Kampung Kandang
• Kampung Tengkele.

Namun sejak tanggal 3 Agustus 1995, Kampung di wilayah Kelurahan Ceger mengalami pemekaran yang semula terdiri dari 5 kampung menjadi 7 kampung, yakni:

• Kampung Jelata
• Kampung Jeruk
• Kampung Apel
• Kampung Kandang Barat
• Kampung Kandang Timur (pecahan dari Kampung Kandang)
• Kampung Tengkele
• Kampung Dukuh (pemekaran dari Kampung Tengkele)

Kelurahan Ceger masuk ke dalam Kecamatan Cipayung dan limpahan dari Kecamatan Pasar Rebo pada tanggal 4 Agustus 1995 sesuai pasal 15 ayat 1 PP nomor 30 tahun 1995 tentang pembentukan 18 (tujuh belas) kecamatan di wilayah Kabupaten daerah tingkat II Bogor, Bekasi, Karawang, Bandung, Cirebon, Kotamadya Jakarta Timur dan Jakarta Selatan. Namun pada tanggal 5 September 1997, Kampung di wilayah Kelurahan Ceger mengalami pemekaran yang semula terdiri dari 7 kampung menjadi 8 kampung, yakni

• Kampung Jelata
• Kampung Jeruk Lama
• Kampung Jeruk Baru (pecahan dari Kampung Jeruk)
• Kampung Apel
• Kampung Kandang Barat
• Kampung Kandang Timur
• Kampung Tengkele
• Kampung Dukuh

Namun pada pada tanggal 2 Januari 2000, Kampung di wilayah Kelurahan Ceger mengalami pemekaran yang semula terdiri dari 8 kampung menjadi 12 kampung, serta ditambahkan 4 kampung dari wilayah Kelurahan Bambu Apus serta dilimpahkan 1 kampung ke wilayah Kecamatan Ciracas dan 1 kampung ke daerah TMII .